在国家要求取缔的十小严重污染小企业之外，四川省将增加取缔“污染严重的部分小磷化工企业”。在国家要求专项整治的10个重点行业之外，四川省将增加磷化工行业专项整治。涉磷重点工业企业和城镇污水处理设施，都要加快除磷脱氮改造升级，并安装总磷自动在线监控装置。总磷超标集中的岷江、沱江流域涉及的成都、眉山、乐山、宜宾、德阳、资阳、内江、自贡、泸州9市，将实行控制总磷污染排放。

以改善水环境质量为核心，《方案》提出全省水污染防治的具体目标。地表水水质要求：到2020年，五大流域国控监测断面优良水质比例达到81.61%以上;岷江、沱江、嘉陵江干流及其一级支流，基本消除劣Ⅴ类水体;各市建成区黑臭水体均控制在10%以内。到2030年，力争全省水环境质量总体改善，水生态系统功能初步恢复。

《方案》明确，四川省政府将与各市(州)政府签订水污染防治目标责任书，各类水体、各个区域的水环境质量状况纳入地方政府的责任目标。