第五个时期是元代，宋元交替时巴蜀是抗蒙的第一线，蒙古的皇帝在巴蜀战死，四川遭受了巨大破坏，很多重要文化成果被毁，许多大族也被连根拔起。这是蜀学处于比较艰难的时期。

第六个时期是明代，这是蜀学的第三个闪耀时期，代表人物主要是“新都二杨”和“南充二陈”。特别要提的是新都二杨父子，父亲杨廷和，嘉靖前期的首辅，儿子名气更大，杨慎，号 “升庵”，就是那位写出了“滚滚长江东逝水，浪花淘尽英雄”的杨升庵。虽然明代蜀学代表人物不算多，但个个都是不鸣则已，一鸣惊人的重量级选手。

最后是清代。清代前期蜀学相对比较暗淡一点，但如“新繁费氏”“丹棱彭氏”“双流刘氏”等，在文学领域都有着不俗的表现。到了晚清，以张之洞创办的“尊经书院”为代表的蜀学在全国有着举足轻重的影响力。这时蜀学的成就不仅限于儒家经学，更扩展到了思想革命，社会革命，还有政治改良等方面。