唐、宋、元三代，这一祠宇屡经修葺。明初祠宇被废除，诸葛亮像移入刘备庙内。明代张时彻的《诸葛武侯祠堂碑记》对此事记之甚详。碑记称：“武侯祠先在先主庙西，宋时屡加修葺，而元因之。皇朝洪武初，以昭烈庙实为陵寝所在，令有司春秋致祭。蜀献王之国，首谒是庙，谓君臣宜一体，乃位武侯于东，关、张于西，自为文祭之。盖至是，武侯祠废。”蜀献王朱椿，朱元璋第十一子，洪武廿三年（1390年）来成都。拜谒了刘备庙与武侯祠后，他认为，祠庙并列不合君尊臣卑之礼，君臣应分上下在一个庙里。因此，他废去了武侯祠。此后，刘备墓旁就只剩下刘备庙了。明代末年，那“君臣一体”的刘备庙毁于兵燹。清代康熙十一年（1672年），因其旧址重建，形成今天合祀君臣的武侯祠。

武侯故宅旁的祠堂

诸葛亮在成都居家廿一年（214-234年），有故宅留世，后人因其宅曾建祠。《太平寰宇记》卷七十二载：“武侯宅在府西北二里，今为乘烟观，有祠在观内。”