与草堂并列的武侯祠为明代中叶所建。诸葛亮在南郊的专祠被蜀献王朱椿废祠移像后，百姓便把刘备墓侧的昭烈庙称为武侯祠，“遂谓以武侯庙庙先主”。认为是刘备跑到诸葛亮的祠里来了。因此，在明嘉靖廿一年（1542年），四川巡抚王蘖谷奏请蜀王，另辟一地为诸葛亮建祠。他说：“侯之功德大矣，不专何崇，不崇何称？”诸葛亮的功德是必须建专祠祭祀才相称的。蜀王同意后，就在草堂寺旁建起了一座武侯祠。此祠毁于明末战火，其他情况不详。

诸葛井边的祠堂

成都有诸葛井，见载于《方舆胜览》。这井可能是因诸葛隆中故宅有井而附会。据晋人习凿齿的《襄阳记》说：“襄阳孔明的住宅有井，深五丈，广五尺，葛井。”成都的诸葛井有二，一“在成都县西五里，浣花溪旁。《明一统志》：相传蜀汉诸葛亮欲通井络王气，故为此井。又一井在府城东门内，有祠，明杨名有记，今存。”

对此祠宇，《华阳县志》载：“就诸葛井为祠，乃明万历建，杨名有井祠记，在今城东锦江街。”解放初期，井及祠均在。祠有房十余楹，内有孔明塑像。现在井已废，祠改作他用，去江南馆街尚可寻其遗迹。

九里堤上的诸葛庙

据《成都县志》：“九里堤，县西北十里，其地洼下，水势易趋，汉诸葛孔明筑堤九里以捍之……旁有诸葛庙。”还说：“在九里堤之南，名诸葛庙，创建年月无考。国朝乾隆九年重建。”

九里堤是成都的一古老长堤，为唐剑南西川节度使高骈所修，宋成都知府刘熙古再建。人们为纪念刘熙古，将原来的龙神庙改为刘公祠（亦称刘侍郎庙）。明代天启《成都府志》才说是“诸葛亮筑”，称“诸葛堤”。由此可知，该庙为刘公祠改成，其始自年代不可能早于清代。庙宇规模不大，现在仍可见其轮廓。

城北的丞相祠

《成都县志》载：“县北二里簸箕街，名丞相祠，汉末建，国朝有培修。”此祠在成都第六中学所在地，尚有断碑可寻。明末已有此祠，其余不详。

成都历史上的这几座武侯祠，虽然建有先后，各有兴废，但都与诸葛亮在成都的遗迹有关，尽管有的遗迹纯属附会。孔明治蜀，遗爱于民。他死后，从街头的私祭，到官方的建祠奉祀，一千多年来，百姓对他的追思有增无减。这一座座祠宇，记录着一位前代伟人的业绩。